為了提高配送效率與服務全台之客戶，南聯於北部及南部地區分別設有大型專業倉儲物流中心。

倉儲物流中心備有恆溫及低溫空調倉庫，以確保產品入倉後，得到最妥善的存放；配合電腦化儲位管理及專業倉運人員，精確掌握所有進貨品質、數量驗收、出貨控管、車輛調度、庫存盤查…等，務必達到最有效率與最佳品質的配送。

同時，各倉儲物流中心皆聘僱保全人員管制門禁，確保倉儲安全。此外，倉儲物流中心可因應客戶的不同需求，提供產品改包裝，包括禮盒、贈品與促銷包裝等服務。

搭配工業4.0的概念進而引進新世代創新的自動化設備，用以提升與既有系統的整合應用性，經由自動機械手臂、影像辨識系統、自動搬運設備及控制系統，達成貨品之自動卸/疊棧的功能，除了替顧客提供了準確及完整的供貨品質並為員工創造一個優良的工作環境。